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Il testo presenta in modo coinvolgente la figura del medico giapponese Takashi Nagai (1908-1951) convertitosi al cattolicesimo. Discendente da un'antica famiglia shintoista dedita alla medicina, esercita anch'egli la professione di medico durante le due guerre tra Cina e Giappone, curando senza distinzione i giapponesi e i nemici cinesi. Si specializza poi in radiologia e lavora all'ospedale universitario di Nagasaki, dove contrarrà la leucemia a causa dell'esposizione ai raggi X. Nel frattempo la morte della madre e la lettura di Pascal approfondiscono le sue domande sul senso della vita e lo allontanano dal suo ateismo convinto, avvicinandolo alla conoscenza della figura di Gesù. Dopo un intenso cammino interiore si converte al cattolicesimo, anche grazie alla testimonianza della comunità cristiana di Nagasaki. Sposerà poi Midori, figlia della coppia cristiana che a Nagasaki lo ha ospitato a lungo. Durante il lancio della bomba atomica si prodiga, pur ferito, nel soccorrere i moribondi. Quando scopre che l'amatissima moglie è morta nell'esplosione, decide di impegnarsi instancabilmente per la pace, anche scrivendo libri in cui ha modo di esporre con competenza i terribili effetti della bomba. Divenuto famoso già in vita per la sua santità, ma ormai gravemente malato e infermo, riceve la visita nella sua umile casa sia di molte persone comuni sia famose come l'imperatore giapponese. È nominato eroe nazionale e dopo la morte gli viene dedicato un museo. Da alcuni anni è in corso la beatificazione...
